Sempadan Malaysia–Indonesia terdiri daripada 1,881 km (1,169 m) sempadan darat yang membahagikan wilayah Indonesia dan Malaysia di pulau Borneo . Ia juga merangkumi sempadan maritim di sepanjang Selat Melaka, di Laut China Selatan dan di Laut Sulawesi . [1]Sempadan daratan terbentang dari Tanjung Datu di sudut barat laut Borneo melalui tanah tinggi pedalaman Borneo ke Teluk Sebatik dan Laut Celebes di sebelah timur pulau itu. Sempadan itu memisahkan wilayah Indonesia yang terdiri dari Kalimantan Utara, Kalimantan Timur dan Kalimantan Barat daripada wilayah Sabah dan Sarawak di Malaysia.Sempadan maritim di Selat Melaka secara amnya mengikut garis median antara garis pangkal Indonesia dan Malaysia, berjalan ke selatan dari tripoint dengan Thailand ke permulaan sempadan maritim dengan Singapura . Hanya sebahagian daripada sempadan ini telah dibataskan melalui perjanjian sempadan pelantar benua pada tahun 1969 dan perjanjian sempadan laut wilayah pada tahun 1970. Sempadan pelantar benua antara Indonesia dan Malaysia di Laut China Selatan juga dilukis di sepanjang garisan yang sama antara garis pangkal kedua-dua negara di bawah sempadan pelantar benua 1969.Sempadan di Laut Sulawesi menjadi pertikaian antara kedua-dua negara. Sebahagian daripada pertikaian itu diselesaikan melalui penghakiman Mahkamah Keadilan Antarabangsa dalam Kes Ligitan dan Sipadan pada 2002 dan kini sedang menunggu persempadanan semula antara kedua-dua negara. Walau bagaimanapun, kedua-dua negara masih mempunyai tuntutan bertindih ke atas pelantar benua, yang Indonesia sebut sebagai Ambalat .Terdapat banyak lintasan pengangkutan laut antara Indonesia dan Malaysia, kebanyakannya antara pulau Sumatera di Indonesia dan Semenanjung Malaysia tetapi juga antara wilayah Kalimantan Utara di Indonesia dan wilayah Sabah Malaysia. Terdapat hanya tiga titik persimpangan pengangkutan darat rasmi, semuanya antara Kalimantan Barat dan Sarawak. Kedua-dua sempadan darat dan maritim agak berliang; ramai pekerja tanpa izin telah menyeberang dari Indonesia ke Malaysia.